Công ty VITE được điều hành bởi Hội đồng quản trị, Ban kiểm soát, Ban giám đốc Công ty. Công ty hiện có 09 phòng ban chia làm 02 khối: Khối nghiệp vụ quản lý gián tiếp (03 phòng): Tổ chức hành chính, Kế hoạch đầu tư, Tài chính kế toán; Khối sản xuất kinh doanh trực tiếp (06 phòng): Địa chất, Thi công thăm dò, Môi trường, Quản lý dự án & Xây dựng công trình, Thiết kế và Công nghệ thông tin.

Cơ cấu tổ chức được thể hiện qua sơ đồ